Nasceu em Silves, em 26 de abril de 1907, filho de Maria Antónia Bôto e de José António Bôto. Em 1918, passou a viver em Alhos Vedros, onde o pai era gerente de uma fábrica de cortiça e, com o falecimento daquele, trabalhou como corticeiro e, depois, como ferroviário, entrando, em 25 de setembro de 1925, para as Oficinas Gerais dos Caminhos de Ferro do Sul e Sueste, no Barreiro.
Anarcossindicalista, integrou, no primeiro trimestre de 1933, como Secretário-Arquivista, a Direção eleita do Sindicato e, entretanto, tornou-se adepto do esperanto, língua que procurou ensinar. Na sequência da aprovação do Estatuto do Trabalho Nacional e da criação dos Sindicatos Nacionais, envolveu-se na preparação da Greve revolucionária de 18 de janeiro de 1934, quer no Barreiro, integrando o Comité Regional, ligado à Confederação Geral do Trabalho, e o Comité de Ação Revolucionária local, abrangendo diversas correntes operárias, quer em toda a região sul, conjuntamente com Mário Castelhano.
Preso em 26 de janeiro de 1934 e conduzido para Setúbal, seria entregue pelo Comando da PSP desta cidade à PVDE em 5 de fevereiro e levado para a 1.ª esquadra. Seguiu, no dia sete, para a Casa de Reclusão do Governo Militar de Lisboa, na Trafaria, regressando, em 5 de março, à 1.ª esquadra, a fim de ser julgado pelo Tribunal Militar Especial no dia 6: teve como advogado Domingos Monteiro e foi despronunciado.
Continuou preso na 1.ª esquadra e, em 8 de março, foi entregue ao Comando da PSP de Faro, a fim de ser ouvido sobre os acontecimentos ocorridos em Silves aquando do 18 de janeiro e, em 10 de março, voltou a ser entregue à Diretoria da PVDE.
Julgado de novo pelo TME em 12 de maio, “acusado de haver tomado parte em reuniões preparatórias do movimento grevista revolucionário” ocorridas em Silves, seria absolvido, por unanimidade, e libertado da Casa de Reclusão da Trafaria, onde se encontrava.
No início de junho, de forma a evitar nova prisão, entrou clandestinamente em Espanha, juntamente com os ferroviários Manuel António Ferro e Manuel Firmo, acabando os três presos na Cadeia Provincial de Badajoz: por carta do dia 11, solicitaram a ajuda do Cônsul português naquela cidade já que se encontravam em péssimas condições e a ser tratados como presos de delito comum.
Tal como muitos outros portugueses emigrados e exilados, envolveu-se nos acontecimentos subsequentes ao golpe militar desencadeado contra a jovem República e, com a derrota dos republicanos, conheceu, novamente, o cárcere. Em 16 de maio de 1939, o Diretor dos Serviços de Informação da Legião Portuguesa enviou à PVDE a lista dos portugueses “residentes na zona vermelha, em Espanha”, entre os quais constava o nome de Manuel Bôto, rol que foi enviado, em 5 de junho, a todos os postos fronteiriços. De regresso a Portugal, foi preso no Posto de Beirã em 1 de outubro de 1940; “para averiguações”, seguindo, no dia seguinte, para o Aljube e, em 20 de dezembro, para Caxias. Deportado para Cabo Verde em 17 de junho de 1941 e abrangido pela amnistia estabelecida pelo Decreto-Lei n.º 35.041, de 18 de Outubro de 1945, foi libertado do Tarrafal em 16 de novembro de 1945 e regressou a Lisboa em 6 de dezembro.
Devido às dificuldades de arranjar trabalho, emigrou para o Brasil (São Paulo), de onde regressou, reformado, em 1982. Deixou dois livros de memórias, não publicados, abrangendo a participação na Guerra Civil de Espanha e a detenção no Tarrafal, este com prefácio de Manuel Cabanas. Faleceu em 18 de janeiro de 1984, em Lisboa.