Agora com a designação de Campo de Trabalho de Chão Bom, o Tarrafal reabre em 1961, escassos seis anos após o seu “encerramento”.
Com o início da guerra colonial, foi contra os nacionalistas africanos que o governo português investiu com especial ferocidade. Por um lado, criando toda uma série de mecanismos que permitiam legalizar as prisões indiscriminadas a que procedia nos territórios sob administração colonial, por outro, remetendo para jurisdição militar muitos desses presos e, finalmente, desenvolvendo o sistema concentracionário que sempre mantivera em funcionamento nas colónias. É assim que surgem – ou são readaptados – numerosos campos de concentração, designadamente na Guiné, em Angola e em Moçambique – para os quais seguem presos sem qualquer julgamento, por meras medidas administrativas das autoridades civis e militares.
Neste quadro, a reabertura do Tarrafal dispensa qualquer justificação – uma simples Portaria manda criar o Campo de Trabalho e, a partir daí, é a máquina burocrática que se encarrega dos passos seguintes, até à chegada dos primeiros presos angolanos em 25 de Fevereiro de 1962.
A economia posta na reabertura do campo do Tarrafal para presos políticos é singular e elucidativa: a maioria dos preparativos – e dos gastos – destinam-se a assegurar o alojamento dos carcereiros e da guarnição militar do campo, no valor estimado de cerca de 600 contos, não sendo dispendidas verbas significativas com os presos.
Por outro lado, está sempre presente nos relatórios dos burocratas a existência, em Cabo Verde e em Angola, de presídios com muito maior capacidade – falam de 4.000 para o presídio a construir ora na Ilha da Boavista, ora na Ilha de Santo Antão, de mais de 800 presos no campo de Missombo, em Angola, na sobrelotação da Ilha das Galinhas, na Guiné, ou seja, não estão exactamente preocupados em dar vazão a todos os apelidados de "terroristas" que têm sido encarcerados nas várias colónias. Entendem que este campo do Tarrafal, tal como sucedera na sua I fase, era o destino pretendido para “presos de responsabilidade”. E agem em conformidade, chegando a prever a instalação no Tarrafal de “450 naturais de Angola”.